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AI測定藥物分子結構 竟比人工快一萬倍

2018-11-11 來源:OFweek醫(yī)療科技網(wǎng)   標簽: 掌上醫(yī)生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:通過核磁共振測定完整的晶體結構,需要極其復雜且非常耗時的量子化學計算,這對于結構非常復雜的分子而言難度非常大,同時需要配合密度泛函理論(DFT)技術來進行計算工作。

日前,科學家們試圖運用人工智能來代替化學家們的傳統(tǒng)建模方法,以達到更快地破解分子結構的目的。

一種藥物被制造出來,科學家必須要了解該藥物的活性成分進入人體會如何表現(xiàn)。這就要求科學家要詳細了解藥物們確切的原子結構,通常采用的方法是磁共振和密度泛函理論相結合的技術。核磁共振技術通常用于探測原子之間的磁場,并確定相鄰原子之間是如何相互作用的。然而,通過核磁共振測定完整的晶體結構,需要極其復雜且非常耗時的量子化學計算,這對于結構非常復雜的分子而言難度非常大,同時需要配合密度泛函理論(DFT)技術來進行計算工作。DFT技術使用復雜的量子化學計算來映射特定區(qū)域內的電子密度,這個過程中需要進行非常大量的計算。

瑞士洛桑聯(lián)邦理工學院(EPFL)的科學家們建立了一個名為ShiftML的機器學習程序,并利用來自CambridgeStructuralDatabase的數(shù)據(jù)對ShiftML進行了訓練,其中2000個化合物結構用于對ShiftML的訓練和驗證,另外500個用于對其進行測試。這個數(shù)據(jù)庫中包含數(shù)千種化合物計算得出的DFT化學位移,其中每一個化合物都由不到200個原子組成。研究人員表示,即使對于相對簡單的分子,ShiftML的計算速度也比現(xiàn)有的方法快了將近1萬倍。

尤其是面對復雜的化合物,AI測定藥物分子結構的優(yōu)勢會更加明顯。研究小組希望未來的ShiftML可以用來輔助藥物設計工作。“這項研究是非常令人興奮的,因為大幅度加速計算時間可以讓我們能夠覆蓋更大的構象空間,并準確界定那些以前無法確定的結構,”研究論文的共同作者之一、EPFL的化學教授LyndonEmsley博士表示:“ShiftML可以讓現(xiàn)代的大多數(shù)復雜藥物分子觸手可及。”

如今,ShiftML已經(jīng)可以開源使用,任何人都可以在平臺上上傳分子,并獲得其核磁共振特征。

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