由于免疫組化具有特異性強、靈敏度高、定位準確等特點，且能將形態(tài)研究與功能研究有機地結合在一起，所以，這門新技術已被廣泛地應用于生物學和醫(yī)學研究的許多領域。在病理學研究中，免疫組化技術的作用和意義更為重要。

　　1、確定細胞類型

　　通過特定抗體標記出細胞內相應抗原成分，以確定細胞類型。如角蛋白是上皮性標記，前列腺特異性抗原僅見于前列腺上皮，甲狀腺球蛋白抗體是甲狀腺濾泡型癌的敏感標記，而降鈣素抗體是甲狀腺髓樣癌的特有標記。有些細胞(如表皮內朗格漢斯細胞、黑色素細胞、淋巴結內指突狀和樹突狀網織細胞)光鏡下不易辨認，但免疫組化標記(S-100蛋白等)能清楚顯示其形態(tài)。

　　2、辨認細胞產物

　　利用某些細胞產物為抗原制備的抗體，可作為相應產物的特殊標記，如內分泌細胞產生的各種激素，大多數可用免疫組化技術標記出來，據此可對內分泌腫瘤作功能分類，檢測分泌異位激素的腫瘤等。

　　3、了解分化程度

　　大多數標記物都有其特定的分布部位，如上皮細胞膜抗原(EMA)著色部位在細胞膜上，但差分化乳癌胞漿內也可出現(xiàn)陽性顆粒；角蛋白的含量也與分化程度有關，低分化或未分化癌含量較低、染色較弱。

　　4、鑒定病變性質

　　通過標記Ig輕鏈(κ、λ)可區(qū)分部分b細胞性淋巴瘤與B細胞反應性增生，前者常表達單一的Ig輕鏈(κ+/λ+)，后者常為多克隆Ig輕鏈(κ+、λ+)。而標記Bcl-2蛋白在區(qū)別濾泡型淋巴瘤和反應性濾泡增生上有相當的意義。在濾泡型淋巴瘤，90%以上腫瘤性濾泡細胞有bcl-2的高表達；而在濾泡反應性增生時，濾泡反應中心的細胞不表達Bcl-2蛋白，而套細胞則表達。

　　5、確定腫瘤分期

　　判斷腫瘤是原位還是浸潤及有無血管、淋巴管侵襲與腫瘤分期密切相關。用常規(guī)病理方法判斷有時是十分困難的，但用免疫組化法可獲得明確結果。如采用層粘連蛋白和Ⅳ型膠原的單克隆抗體可清楚顯示基底膜的主要成分，一旦證實上皮性癌突破了基底膜，就不是原位癌，而是浸潤癌了，其預后是不同的。用第八因子相關蛋白、荊豆凝集素等顯示血管和淋巴管內皮細胞的標記物則可清楚顯示腫瘤對血管或淋巴管的浸潤。對許多腫瘤的良惡性鑒別及有無血管或淋巴管浸潤，這是主要的鑒別依據，同時也有治療及預后意義。

　?。?、指導治療和預后

　　免疫組化標記中與預后有關的標記大致可分為三類：①類固醇激素受體：如雌激素受體、孕激素受體等，它們與乳腺癌的關系已獲公認，性激素受體陽性者內分泌治療效果較好，預后也較好。相似的結果也見于子宮內膜癌和卵巢癌。②腫瘤基因標記：如癌基因c-erB-2，c-myc，P53蛋白等，在腫瘤中高度表達者，患者預后較差；而nm23蛋白高度表達者，腫瘤轉移率較低，預后較好。③細胞增殖性標記：如表皮生長因子受體(EGFR)、增殖細胞核抗原(PCNA)、Ki-67等，表達指數越高，表明其增殖越活躍，惡性度增高，預后不良，其中以惡性淋巴瘤、乳腺癌較為明顯。而且在乳腺癌的研究中發(fā)現(xiàn)Ki-67、PCNA、EGFR陽性者，淋巴結轉移率高，并與激素受體的表達呈負相關。

　　７、尋找感染病因

　　人體疾病的致病微生物中有的在常規(guī)病理檢查中不易發(fā)現(xiàn)，尤其是病毒性致病微生物，由于其分子水平的結構，在細胞水平上難以發(fā)現(xiàn)，通過免疫組化方法則可明確發(fā)現(xiàn)病原體抗原部位以及定量，如巨細胞病毒(CMV)、人乳頭狀瘤病毒(HPV)、單純皰疹病毒(HSV)、乙型肝炎病毒(HBV)等，已有商品化標志物幫助解決病因診斷問題。