Nature Gen：外顯子測序發(fā)現(xiàn)肺癌新突變基因

2018-06-07 來源：基因谷標(biāo)簽：掌上醫(yī)生喝茶減肥一天瘦一斤安全減肥 cps聯(lián)盟美容護膚

摘要：在過去的研究中，受體酪氨酸激酶突變在肺癌中非常普遍。但是研究人員發(fā)現(xiàn)，在沒有酪氨酸激酶受體改變的腫瘤亞型中，基因如SOS1，VAV1，RASA1和ARHGAP35突變會非常普遍。

最近，來自美國幾所主要大學(xué)和俄羅斯ITMO大學(xué)的研究人員，在肺癌細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了一些新的驅(qū)動突變（drivermutations），可能用于基因靶向治療和免疫治療。相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在最新一期的《NatureGenetics》雜志。

在超過1000名肺癌或鱗狀細(xì)胞癌患者中，研究者對他們的腫瘤外顯子組序列進行研究發(fā)現(xiàn)，兩種常見肺癌亞型都含有體細(xì)胞突變和抗原特性，這可能會用于靶向治療或免疫治療。

美國和俄羅斯的研究人員在《NatureGenetics》中聲稱，他們對660名肺癌患者和484名鱗狀細(xì)胞癌患者進行了腫瘤樣本和正常樣本外顯子組測序，基于陣列的拷貝數(shù)型分析和免疫原性預(yù)測。

在這個過程中，該團隊檢測到了很多顯著突變基因，但只有極少數(shù)突變基因在兩個肺癌亞型中重復(fù)出現(xiàn)。這表明靶向的治療需要隨著亞型的不同而改變。每個腫瘤亞型中大約一半腫瘤會表達幾種不同的抗原決定簇，而這些抗原決定簇有利于免疫治療。

JoshuaCampbell在一份報告中說，他們已經(jīng)確認(rèn)了幾種不同的復(fù)發(fā)突變。這些突變可能會被免疫系統(tǒng)識別，因此他們將可能是腫瘤疫苗強有力的“候選人”。

Campbell和同事利用安捷倫SureSelect外顯子組包來捕獲腫瘤和正常肺癌樣本的蛋白質(zhì)編碼區(qū)域，然后通過Illumina雙末端配對序列進行測序。他們使用統(tǒng)計方法檢測潛在的癌癥“司機”突變（drivermutations），并通過比對正常樣本數(shù)據(jù)和近3000名正常外顯子組來過濾“乘客”突變（passengermutations）。

結(jié)果表明兩個癌癥亞型之間的顯著突變基因譜不同，每種亞型都含有與吸煙有關(guān)的突變標(biāo)記（mutationsignatures）。

Campbell說：“我們需要進一步研究是什么導(dǎo)致基因突變，這種突變會導(dǎo)致某種細(xì)胞不受控制地生長，而對另一種細(xì)胞無影響。這方面的知識將幫助我們更好地理解腫瘤生長的分子通路，并幫助我們設(shè)計出更好的藥物。”

該團隊發(fā)現(xiàn)肺癌中高突變的38個基因，這其中包括PPP3CA，DOT1L和FTSJD1等疾病的以往研究中未曾發(fā)現(xiàn)的幾個突變基因。對于肺鱗狀細(xì)胞癌，他們發(fā)現(xiàn)了20種顯著突變基因，包括RASA1。在此之前，一直沒有人發(fā)現(xiàn)RASA1與這種亞型之間的聯(lián)系。

11處局部放大峰和13處局部刪除峰表明，兩種肺癌亞型都發(fā)現(xiàn)了六種顯著突變基因。但是大多數(shù)峰都是特定于某一個腫瘤亞型的。

在過去的研究中，受體酪氨酸激酶突變在肺癌中非常普遍。但是研究人員發(fā)現(xiàn)，在沒有酪氨酸激酶受體改變的腫瘤亞型中，基因如SOS1，VAV1，RASA1和ARHGAP35突變會非常普遍。

總體而言，鱗狀細(xì)胞癌與身體其他部位的癌，如膀胱癌，吸煙相關(guān)的上皮癌，以及頭頸部鱗狀細(xì)胞癌共享更多的分子特征。

最后，該團隊在47％的肺癌和53％的鱗狀細(xì)胞癌中，發(fā)現(xiàn)了五個抗原決定簇。

Campbell說：“一些高復(fù)發(fā)的基因突變可以產(chǎn)生抗原決定簇，未來的研究可能會進一步揭開免疫抑制劑和個性化疫苗的臨床表現(xiàn)與這些抗原決定簇之間的關(guān)系。”

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