引起肛周膿腫的病因較多，主要原因有以下幾個方面：
1、感染性因素：現代醫(yī)學認為，感染是引起本病的主要原因。
2、醫(yī)源性因素：臨床上屬醫(yī)源性引起的肛門直腸周圍膿腫也不少見。
① 內痔插枯痔丁或注射療法，因操作不當或藥劑不潔感染形成粘膜下膿腫。
② 直腸周圍注射化學藥物刺激，引起組織壞死，造成直腸周圍膿腫。
③ 乙狀結腸鏡檢查，造成腹膜穿孔感染，引起直腸后間隙膿腫。
④ 局部麻醉感染，或油溶液注入后吸收不良，而形成膿腫。
3、手術后因素：臨床上亦可見到肛門直腸手術引起感染，而形成的直腸周圍膿腫，以及尿道術后感染、會陰部術后感染、產后會陰破裂縫合后感染、尾骶骨骨髓炎術后感染等引起的膿腫。
4、其它：直腸內異物損傷后感染，放線菌病，直腸憩室炎感染，肛管直腸癌破潰或波及深部的感染，及身體虛弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或營養(yǎng)不良，都是肛門直腸周圍膿腫的發(fā)病原因。
發(fā)病機理及分類
1、病理 肛管直腸周圍感染可分為3個階段：①肛腺感染階段；②肛管直腸周圍膿腫階段；③肛瘺形成階段。
肛腺感染后在內外括約肌之間生成膿腫，然后沿聯合纖維向各方面蔓延，發(fā)生各類膿腫。向下達肛周皮下形成肛周皮下膿腫；向內至肛管皮下組織內形成膿腫或破潰；向外穿過外括約肌至坐骨直腸窩形成坐骨直腸窩膿腫，有時繼續(xù)向上穿過肛提肌形成骨盆直腸間隙膿腫。膿腫可圍繞肛管及直腸的下部由一側蔓延到另一側形成馬蹄形膿腫。
2、分類
(1)按感染病菌分類：①非特異性肛周膿腫：由大腸埃希桿菌、厭氧菌等混合感染引起；②特異性感染：臨床較為少見，以結核性膿腫為主。
(2)按膿腫部位分類：①肛提肌下膿腫(低位膿腫)：包括肛周皮下膿腫、坐骨直腸間隙膿腫、低位馬蹄形膿腫等；②肛提肌上膿腫(高位膿腫)：包括骨盆直腸間隙膿腫、直腸后間隙膿腫和高位馬蹄形膿腫等。
(3)按膿腫的最后結局分類： Eisenhammer(1978)將肛管直腸周圍膿腫分成瘺管性膿腫及非瘺管性膿腫2大類。①非瘺管性膿腫：凡與肛竇、肛腺無關，最終不殘留肛瘺者，均屬非瘺管性膿腫；②瘺管性膿腫：即為經肛竇、肛腺感染而致，最后遺留肛瘺者。