深部真菌病與淺部真菌病不同，患者往往有明顯的誘因和伴隨的基礎(chǔ)疾病，因此，對(duì)真菌性腸炎的治療必須兼顧去除發(fā)病誘因和伴隨疾病的治療，僅用抗真菌藥則療效欠佳。而且，現(xiàn)有的幾種療效較好的抗真菌藥均有不同程度的毒副作用，需要聯(lián)合用藥和中西醫(yī)結(jié)合治療以減少副作用和提高療效。
1.一般治療和對(duì)癥治療　臥床休息，消化道隔離。給予易消化、高熱量、高維生素、低脂肪飲食。限制進(jìn)食牛奶以防腹脹。避免刺激性、多渣食物，防止誘發(fā)腸穿孔。退熱可用物理降溫。停用原有抗生素。忌用止瀉藥?？蓱?yīng)用微生態(tài)制劑。
2.液體療法
(1)靜脈補(bǔ)液：進(jìn)食少、失水明顯的患者，應(yīng)靜脈輸液，以補(bǔ)充水分、熱量，及時(shí)糾正酸堿平衡和電解質(zhì)紊亂。原則上損失多少補(bǔ)多少，遵循“先鹽后糖，先快后慢，糾酸補(bǔ)鉀”的方針。
(2)口服補(bǔ)液：適用于輕度失水者和靜脈補(bǔ)液后病情已有改善者。
3.中醫(yī)中藥　運(yùn)用中醫(yī)的整體觀點(diǎn)，辨證施治，扶正祛邪，在提高機(jī)體免疫力和改善全身狀況的同時(shí)，加以有效的抗真菌藥治療。尤其是艾滋病并發(fā)真菌性腸炎，中西醫(yī)結(jié)合療法有其獨(dú)到的優(yōu)勢(shì)。
大蒜、黃連、土槿皮、毛姜等中藥均有一定的抗真菌作用。由大蒜的有效成分——大蒜素制成的注射液，可供靜脈滴注，亦可口服。近來有人用中藥濃煎成汁灌腸，亦取得不錯(cuò)的療效。
4.抗真菌治療　首選制霉菌素口服。重癥或口服有困難者選用氟康唑或二性霉素B合用氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)靜脈滴注。
(1)制霉菌素：為多烯類抗真菌抗生素，因不溶于水，口服不吸收，故副作用較小。成人每次100萬U，3次/d，兒童酌減，療程10～14天?？膳c大蒜素合用。
(2)大蒜素：為大蒜經(jīng)真空分餾得到的一種有效揮發(fā)油，化學(xué)名為三硫二丙烯，亦可人工合成。注射劑，成人每天90～150mg，加入5%葡萄糖中滴注，4～5h滴完。口服膠丸，成人每次40～60mg，3次/d，飯后服。兒童用量酌減。療程2周～4個(gè)月。
(3)氟康唑：為取代酮康唑的新一代三唑類化學(xué)制劑，對(duì)肝臟的毒副作用遠(yuǎn)較酮康唑小。用法：成人每天200～400mg，兒童5～10mg/(kg·d)，1次口服或靜脈滴入。療程10～14天。此藥應(yīng)避免與降低胃pH值的堿性藥物同服，否則影響該藥的吸收;也應(yīng)避免與降血糖藥、環(huán)孢素A、苯妥英鈉、利福平、H2拮抗藥等合用，以免相互干擾、加速代謝而降低療效。
(4)伊曲康唑：作用與氟康唑類似，僅供口服。用法及注意點(diǎn)同氟康唑。用于治療副球孢子菌腸炎，療程需6～12個(gè)月。
(5)兩性霉素B及其脂質(zhì)體制劑(Ambisone)：供靜脈應(yīng)用的多烯類抗真菌抗生素，具有較廣的抗菌譜，但副作用大，僅適用于重癥患者。此藥對(duì)地絲菌無效。用法：兩性霉素B，50mg/瓶，以去氧膽酸鈉稀釋，加入5%葡萄糖液中，成0.1mg/ml濃度，于6h內(nèi)滴完。第1天0.25mg/kg，以后每天增加0.25mg/kg，至每天0.75mg/kg后改為隔天1次。通常與5-氟胞嘧啶合用，應(yīng)用5～7天或病情減輕后，改用氟康唑或其他毒副作用較小的藥物。主要副反應(yīng)包括：頭痛、寒戰(zhàn)、發(fā)熱、惡心、畏食、血栓性靜脈炎、溶血性貧血、急性腎炎、心肌炎、心率失常等，可通過應(yīng)用麻醉劑、糖皮質(zhì)激素、阿司匹林、抗組胺藥及堿化尿液等以減輕毒副作用。如用兩性霉素B脂質(zhì)體，則毒副作用明顯減少，有利于加大用藥劑量和延長(zhǎng)應(yīng)用時(shí)間。應(yīng)用方法：
①加滅菌蒸餾水將兩性霉素B脂質(zhì)體稀釋成4mg/ml，并劇烈震搖使之分散均勻。
②再以5%葡萄糖液稀釋成0.2～2.0mg/ml濃度，并通過孔徑為5μm的消毒濾膜過濾，避光靜脈滴注，30～60min內(nèi)滴完。
③用量：從每天1.0mg/kg逐天增加至3.0mg/kg，療程2～4周;新生兒每天1～5mg/kg，療程1個(gè)月。不宜在同一輸液管道與電解質(zhì)溶液及其他藥物混用。
(6) 氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)：為化學(xué)合成的廣譜抗真菌藥，通過真菌所特有的胞嘧啶脫氨酶，轉(zhuǎn)化為5-氟尿嘧啶而干擾真菌核酸合成。單用效果差，與兩性霉素B合用，可減少后者的用量以降低其毒性，并減少耐藥菌株的產(chǎn)生。常用口服膠囊，亦可用1%溶液作靜脈注射。用量：成人和兒童，50～150mg/(kg·d)，分4次口服。
(7)甲紫：適用于地絲菌腸炎。用法：甲紫膠囊，每次30mg，3次/d。可與制霉菌素或氟康唑合用。
(8)磺胺藥：適用于副球孢子菌腸炎。用法：磺胺嘧啶，成人每天4～6g，兒童每天60～100mg/kg，分3～4次口服?；蚧前芳讎f唑/甲氧芐啶，成人每天2片，兒童每天1片或酌減，1次口服。療程需6個(gè)月以上。