NTM可侵犯全身許多臟器和組織，其中以肺部最為常見。肺外病變包括淋巴結(jié)、皮膚、軟組織、骨骼等。
1.慢性肺病 常見致病菌為MAIC、堪薩斯分枝桿菌、偶發(fā)分枝桿菌、膿腫分枝桿菌及蟾蜍分枝桿菌等。上述細(xì)菌引起的肺部病變與肺結(jié)核很相似?；颊叱Ｓ新宰枞苑尾　⒎谓Y(jié)核、矽肺、肺膿腫、支氣管擴(kuò)張、囊性纖維化、糖尿病、潰瘍病及應(yīng)用激素、免疫抑制劑的病史。男多于女，癥狀有咳嗽、咳痰、咯血、胸痛、呼吸困難、低熱、消瘦、乏力，但缺乏特異性，病情進(jìn)展慢。X線胸片上病變多見于右上肺，顯示浸潤、空洞、結(jié)節(jié)、纖維干酪和廣泛纖維收縮等多種病變?？斩窗l(fā)生率高達(dá)80%，呈單發(fā)或多發(fā)，胞內(nèi)分枝桿菌引起的空洞多位于胸膜下，壁薄，周圍滲出少。瘰疬分枝桿菌引起兒童的肺部病變，表現(xiàn)與原發(fā)型肺結(jié)核相似。MAIC感染可表現(xiàn)為彌漫性播散性病灶。NTM感染時(shí)，自病變初期到形成空洞常需2～4年。此外，很少發(fā)生胸膜反應(yīng)滲出。
2.淋巴結(jié)炎 由NTM引起的淋巴結(jié)炎遠(yuǎn)比淋巴結(jié)核多見。致病菌以鳥-胞內(nèi)分枝桿菌、瘰疬分枝桿菌及海分枝桿菌多見。多見于12歲以下兒童，以2～4歲兒童為主，0～5歲患兒占91%，發(fā)病率10倍于結(jié)核性淋巴結(jié)炎?；純憾嘤型婺嗤?、塘水習(xí)慣。病變位于頸部、頜下、腹股溝、肱骨內(nèi)上踝、腋窩，淋巴結(jié)腫大，不疼，但可有觸痛，進(jìn)展緩慢。淋巴結(jié)破潰后形成竇道。惡化與好轉(zhuǎn)反復(fù)交替，最后以纖維化和鈣化結(jié)局。
3.腦膜炎 常見于艾滋病、背部創(chuàng)傷及神經(jīng)外科手術(shù)后患者。以鳥分枝桿菌、偶發(fā)分枝桿菌、瘰疬分枝桿菌及堪薩斯分枝桿菌引起者多見，其臨床表現(xiàn)頗似結(jié)核性腦膜炎，但病死率較高。
4.皮膚和軟組織感染 由海分枝桿菌感染，多見于游泳池，或海水中游泳者皮膚擦傷，如肘、膝、踝、指(趾)處皮膚，開始時(shí)為紅褐色小丘疹、小結(jié)節(jié)或斑塊，隨后軟化破潰成為淺表性潰瘍，?？蛇w延數(shù)月乃至幾年，但不會形成瘺管。偶爾病變沿淋巴管呈向心性發(fā)展，病變多呈自限性。偶然分枝桿菌復(fù)合群可經(jīng)局部皮膚傷口入侵形成局限性膿腫，局灶性蜂窩織炎，多為醫(yī)源性感染。潰瘍分枝桿菌常引起小腿和前臂無痛性皮下結(jié)節(jié)，繼而形成水皰，破潰導(dǎo)致壞死性潰瘍，表面覆蓋黃色壞死物，周圍皮膚隆起，色素沉著，稱為Baimsdal潰瘍(在澳大利亞稱Searl病;在烏干達(dá)稱Buruli潰瘍)，后期機(jī)化形成瘢痕可致畸形。瘰疬分枝桿菌也可引起皮膚肉芽腫性結(jié)節(jié)，破潰伴瘺管形成，同時(shí)伴淋巴結(jié)腫大?？八_斯分枝桿菌感染?？梢痧酄罨蛉庋磕[樣丘疹及壞死性丘疹性膿皰等。偶有隆乳術(shù)后引發(fā)乳腺NTM感染。
5.骨骼系統(tǒng)病變 致病菌以堪薩斯分枝桿菌、鳥-胞內(nèi)分枝桿菌、土地分枝桿菌及海分枝桿菌多見，常由傷口接觸土壤、水而感染。可引起骨骼、關(guān)節(jié)、腱鞘、滑囊及骨髓感染。次要分枝桿菌可引起化膿性關(guān)節(jié)炎。
6.血源性播散性分枝桿菌病 見于嚴(yán)重細(xì)胞免疫抑制者，如血液系統(tǒng)惡性腫瘤或同時(shí)接受腎上腺糖皮質(zhì)激素治療及艾滋病患者。致病菌多為鳥-胞內(nèi)分枝桿菌，其次為堪薩斯分枝桿菌及瘰疬分枝桿菌。其臨床特點(diǎn)是病程長而有起伏，可累及各系統(tǒng)器官，對抗結(jié)核藥物耐藥，預(yù)后差，病死率高。肺部病變表現(xiàn)為炎性改變，其中1/4呈粟粒樣改變，也可出現(xiàn)肝脾腫大。瘰疬分枝桿菌和鳥-胞內(nèi)分枝桿菌可引起全身性淋巴結(jié)腫大，其組織學(xué)酷似結(jié)節(jié)病。這兩種細(xì)菌還可引起廣泛的多發(fā)性骨骼病變，表現(xiàn)為慢性骨髓炎和竇道形成，遷延多年不愈，或反復(fù)發(fā)作。鳥-胞內(nèi)分枝桿菌還可引起廣泛性腹腔內(nèi)感染，包括腸系膜、腹膜后淋巴結(jié)和內(nèi)臟彌漫性粟粒性病變等。
7.其他部位感染 尚有MAC引起泌尿、生殖系統(tǒng)感染;偶發(fā)分枝桿菌引起眼部及牙齒感染;林達(dá)分枝桿菌(M.linda)引起胃腸道感染;副結(jié)核分枝桿菌和斑尾林鴿分枝桿菌(M.wood pigeon)與克羅恩病有關(guān)。
8.醫(yī)院感染 近年來已對NTM引起醫(yī)院內(nèi)感染的重視。世界上已有26起NTM感染的暴發(fā)流行報(bào)道，常見致病菌為快速生長的龜分枝桿菌、膿腫分枝桿菌所引起。主要發(fā)生于手術(shù)污染、介入治療污染、插管污染、人工透析污染及心臟體外循環(huán)污染等情況下引起感染。1998年我國深圳市某醫(yī)院在2個(gè)月內(nèi)因消毒液錯配導(dǎo)致168例患者手術(shù)后受膿腫分枝桿菌感染的暴發(fā)流行，手術(shù)后患者發(fā)病率為57.53%(168/292)，其特點(diǎn)為發(fā)病人數(shù)多、發(fā)病率高、潛伏期長，是一次罕見的醫(yī)院感染。
非結(jié)核性分枝桿菌病的診斷有賴于臨床、X線和細(xì)菌培養(yǎng)及菌種鑒定，尤其是后者為確診的主要依據(jù)。根據(jù)2000年全國非典型分枝桿菌病研討會擬定的《非結(jié)核分枝桿菌病診斷與處理指南》意見，分述如下：
1.NTM感染 同時(shí)具有以下兩項(xiàng)條件者可診斷為NTM感染：
①PPD-NTM皮膚試驗(yàn)陽性。
②缺乏組織、器官受到結(jié)核分枝桿菌感染的依據(jù)。
2.NTM病可疑者 具有以下條件之一者為NTM病可疑者，須進(jìn)行NTM檢查：
①經(jīng)近規(guī)抗結(jié)核治療無效的結(jié)核患者或標(biāo)本涂片抗酸染色仍陽性者。
②標(biāo)本涂片抗酸桿菌陽性而臨床表現(xiàn)與結(jié)核病不符者。
③標(biāo)本分枝桿菌培養(yǎng)陽性，但菌落狀態(tài)、生長情況與結(jié)核桿菌復(fù)合群不同者。
④顯微鏡檢查有異常的分枝桿菌。
⑤初治結(jié)核患者首次分離的分枝桿菌對抗結(jié)核藥物耐藥。
⑥有免疫缺陷癥、白血病、腫瘤而長期應(yīng)用免疫抑制劑、糖尿病等已排除結(jié)核病的肺部感染。
⑦醫(yī)源性或非醫(yī)源性軟組織損傷、手術(shù)后傷口長期不愈找不到原因者。
3.NTM肺病 具有呼吸系統(tǒng)癥狀或伴全身癥狀，有X線胸片顯示的肺部病變，已排除其他疾病，在確保標(biāo)本無污染的條件下，具有以下條件之一者可診斷為NTM肺病：
①痰NTM培養(yǎng)3次均為同一NTM菌。
②痰NTM培養(yǎng)2次為同一NTM菌，1次痰涂片抗酸染色陽性。
③支氣管灌洗液NTM培養(yǎng)陽性。
④支氣管肺活檢物NTM培養(yǎng)陽性。
⑤肺活檢見與NTM病變相似的肉芽腫，痰NTM培養(yǎng)1次陽性。
4.肺外NTM病 有局部或伴全身癥狀，經(jīng)檢查有肺外組織、器官病變，已排除其他疾病，在確保標(biāo)本無污染的條件下，病變組織NTM培養(yǎng)陽性，即可診斷。NTM淋巴結(jié)炎應(yīng)與其他細(xì)菌所致的化膿性淋巴結(jié)炎、結(jié)核性淋巴結(jié)炎、貓抓病、傳染性單核細(xì)胞增多癥等相鑒別，PPD-NTM皮試有區(qū)別價(jià)值。

NTM肺病應(yīng)與肺結(jié)核、支氣管擴(kuò)張、支原體肺炎、肺囊性纖維化、軍團(tuán)病、肺部真菌病及卡氏肺孢菌病等相鑒別，有賴PPD-NTM皮試及病原學(xué)檢查。播散性NTM病應(yīng)與敗血癥、傷寒、播散性真菌病、全身粟粒性結(jié)核等鑒別，主要依靠PPD-NTM皮試及病原學(xué)檢查。