VKC應與其他變應性結(jié)膜病相鑒別。嚴重的VKC患者具有典型的體征：瞼結(jié)膜鋪路石樣乳頭增生、盾形潰瘍、Horner-Trantas點以及其他征象。然而對于輕型病例，確診比較困難，常需要借助實驗室檢查。

　　1.特應性角結(jié)膜炎(atopic keratoconjunctivitis，AKC) 在早期，兩種疾病常易發(fā)生混淆。在流行病學上，AKC多發(fā)于十幾歲到中年;多為常年性，比VKC病程長。從外部觀察，AKC患者的眼瞼常有慢性眼瞼炎和濕疹。同VKC不同，AKC常引起結(jié)膜瘢痕、上皮下浸潤和下穹隆縮窄。其他的癥狀和體征也有助于兩者之間的鑒別：AKC主要影響下瞼結(jié)膜，有小乳頭;AKC的角膜新生血管化通常位于深層;AKC的分泌物多為水樣，而VKC的分泌物多為黏稠性;在AKC很難發(fā)現(xiàn)有Homer-Trantas點;AKC的結(jié)膜刮片很少發(fā)現(xiàn)有嗜酸性顆粒。

　　2.枯草熱性結(jié)膜炎 又稱季節(jié)變應性結(jié)膜炎(seasonal allergic conjunctivitis，SAC)，是臨床常見的疾病。與抗原接觸后迅速發(fā)病。主要表現(xiàn)為結(jié)膜充血、結(jié)膜水腫和偶發(fā)眼瞼水腫。與VKC不同，SAC患者常伴有變應性鼻炎或鼻竇炎(sinusitis)。在SAC很難觀察到角膜的改變。

　　3.巨乳頭結(jié)膜炎 主要與配戴接觸鏡有關(guān)，其他的刺激因素還有配戴義眼、埋藏縫線暴露。其上瞼結(jié)膜的乳頭反應和黏液的產(chǎn)生非常類似VKC。當去除刺激因素后，GPC的癥狀和體征將明顯減輕或消失。通過病史分析和仔細檢查可以進行鑒別診斷。

　　4.接觸性結(jié)膜炎 因使用藥物誘發(fā)超敏反應而造成的化學性(或毒性)結(jié)膜炎也可產(chǎn)生類似VKC的癥狀和體征。引起藥物超敏反應的主要藥物有：阿托品、局部麻醉藥、抗生素、苯腎上腺素和其他藥物載體?；瘜W性結(jié)膜炎的乳頭反應并不劇烈，下穹隆結(jié)膜易受累。

　　5.沙眼 沙眼也可引起上瞼結(jié)膜和角鞏膜緣上方的病理改變。然而，與VKC不同，沙眼可以引起結(jié)膜瘢痕、濾泡性結(jié)膜炎和Arlt線(水平方向的上皮下纖維化)。結(jié)膜刮片無嗜酸性粒細胞存在。然而，VKC有時和沙眼同時存在。