膿腫（25%）：
肛管直腸周圍膿腫有2大類：一類與肛腺及肛瘺有關(guān)，稱為原發(fā)性急性肛腺肌間瘺管性膿腫，簡稱瘺管性膿腫，較多見;一類與肛腺及肛瘺無關(guān)，稱為急性非肛腺性非瘺管性膿腫，簡稱非瘺管性膿腫較少見;肛瘺大多由前者發(fā)展而來。肛瘺多為一般化膿性感染所致，少數(shù)為特異性感染，如結(jié)核，克羅恩病，潰瘍性結(jié)腸炎。直腸肛管外傷繼發(fā)感染也可形成肛瘺，直腸肛管惡性腫瘤也可潰破成瘺管，但都很少見，與一般化膿性肛瘺有明顯區(qū)別。
性激素（30%）：
有人推測性激素的影響是肛瘺發(fā)生的主要原因，在青春期，人體自身的性激素開始活躍，隨即一部分皮脂腺，特別是肛腺開始發(fā)育增殖，男性較女性增生明顯，由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不暢或肛腺管阻滯，則易感染引起肛腺炎，這可解釋男性青壯年為何肛瘺發(fā)病率較高，而女性肛腺導(dǎo)管較直，不如男性彎曲，分泌物不易淤積，所以女性肛瘺發(fā)病率較低，人到老年，與其他皮脂腺普遍萎縮的同時，肛腺也隨之萎縮，故老年人肛瘺少見。
病原菌（15%）：
肛瘺有原發(fā)性內(nèi)口，瘺管，支管和繼發(fā)性外口，內(nèi)口即感染源的入口，多在肛竇內(nèi)及其附近，后正中線的兩側(cè)多見，但也可在直腸下部或肛管的任何部位，瘺管有直有彎，少數(shù)有分支，外口即膿腫潰破處或切開引流的部位，多位于肛管周圍皮膚，由于病原菌不斷經(jīng)內(nèi)口進(jìn)入管道，加之管道迂曲行走于內(nèi)，外括約肌附近，管壁由纖維組織構(gòu)成，管內(nèi)有肉芽組織，故經(jīng)久不愈。
一般單純性肛瘺只有1個內(nèi)口和1個外口，這類肛瘺臨床上最多見，若外口暫時封閉，局部引流不暢，則又逐漸發(fā)生感染，再次形成膿腫，封閉的外口可再穿破或在其他處形成另一外口(圖1)，如此反復(fù)發(fā)作，使病變范圍擴(kuò)大或有時造成幾個外口，與內(nèi)口相通，這種肛瘺稱為復(fù)雜性肛瘺，即有1個內(nèi)口與多個外口，但有人認(rèn)為，復(fù)雜性肛瘺不應(yīng)以外口的多少劃分，而是指主要瘺管累及肛管直腸環(huán)或環(huán)以上者，雖然這種肛瘺只有1個外口及1個內(nèi)口，但治療比較復(fù)雜，故稱為復(fù)雜性肛瘺，相反，有時肛瘺雖有多個外口，但治療并不復(fù)雜。