本病的病因迄今不明。一般認為，本病屬神經原性疾病。病變可見食管壁內迷走神經及其背核和食管壁肌間神經叢中神經節(jié)細胞減少，甚至完全缺如，但LES內的減少比食管體要輕此致。動物實驗顯示，冰凍刺激或切斷胸水平以上段迷走神經(雙側)，可引起下端食管缺乏蠕動和LES松弛不良。而在切斷單側或下段胸水平以下迷走神經并不能影響LES的功能。由此可見，迷走神經的支配僅止于食管的上段，而食管下端的功能則由食管壁肌間神經叢支配，其神經遞質為嘌呤核苷酸和血管活性腸肽(VIP)。有人測得在本病患者LES內的VIP為8.5±3.6mol/g,明顯低于正常人(95.6±28.6mol/g)。VIP具有抑制靜息狀態(tài)下LES張力的作用。LES內VIP的明顯減少，因LES失去抑制作用而張力增高，乃引起失弛緩癥。