真菌的致病性可分為外源性或內(nèi)源性感染、變態(tài)反應、毒素中毒或致腫瘤。真菌通過不同的形式可以引起各種動物的不同疾病，有些真菌呈寄生性致病作用，有些為條件性致病作用，有些則產(chǎn)生毒素使動物中毒。其中致病性真菌感染，主要是一些外源性真菌感染，可造成皮膚、皮下和全身感染。由于皮膚癬菌具有嗜角質性，在皮膚局部大量繁殖后，通過機械刺激和代謝產(chǎn)物的作用，引起局部的炎癥和病變。深部感染的真菌遭吞噬細胞吞噬后，不被殺死而能引起組織慢性肉芽腫炎癥和組織壞死潰瘍形成。條件性致病性真菌感染，一些內(nèi)源性真菌如念珠菌、曲霉菌、毛霉菌等，致病性不強，只是在機體免疫力降低或長期應用抗生素、激素治療后，才會引起感染。真菌變態(tài)反應性疾病，一部分真菌能引起變態(tài)反應陽性，但并不致病。但交鏈孢菌、曲霉菌、鐮刀菌等污染犬舍空氣時，會引起接觸性皮炎等疾病。真菌性中毒，在飼料中生長的真菌，動物食用后，會引起急性或慢性中毒。引起中毒的主要是真菌產(chǎn)生的毒素;鐮刀菌素引起的中毒可以使動物的腎、肝、心肌、腦組織產(chǎn)生病變;黃曲霉的黃曲霉毒素、雜色霉的雜色毒素等可以引起動物的肝臟損傷;桔青霉的桔青霉素可以引起腎小球的損傷，導致急性或慢性腎病等。致腫瘤，某些真菌的產(chǎn)物與腫瘤的發(fā)生有著密切的聯(lián)系，其中黃曲霉素的毒性很強，小劑量就有很強的致癌作用。