1.特發(fā)性低促性腺激素性性腺功能減退癥
目前，一般將嗅覺正常、臨床上又找不到明確原因的性腺功能減退癥，稱之為特發(fā)性低促性腺激素性性腺功能減退癥（nIHH）。因為KS的嗅覺減退可表現(xiàn)為不同程度，所以有時不易截然區(qū)分KS和nIHH，尤其是性腺功能減退癥的患者常無仔細的嗅覺功能評估。有遺傳學證據表明，編碼GnRH和Kisspeptin受體的基因和nIHH相關，而與GnRH神經內分泌細胞的遷徙無關（KS患者可能存在GnRH神經內分泌細胞的遷徙異常），提示KS和nIHH可能有不同的遺傳背景和發(fā)病機理。
2.體質性青春期發(fā)育延遲
由于GnRH脈沖發(fā)放器活動延遲，導致青春期啟動時間較兒童正常晚，多有生長發(fā)育延遲的家族史，臨床表現(xiàn)為：身材矮小，同時有性腺功能減退。常在18歲前有正常的青春期啟動，青春期過程正常，最終可獲得正常的性成熟。而KS患者不會有正常的青春期啟動。
3.Klinefelter綜合征
該疾病為染色體異常病，典型的染色體核型為47，XXY?；颊弑憩F(xiàn)為先天性睪丸曲細精管發(fā)育不良，玻璃樣變性，青春期可有一定程度的性發(fā)育，但睪丸體積一般小于4ml。由于患者的促性腺激素不能有效地刺激睪丸產生睪酮，故第二性征發(fā)育不全。但因下丘腦-垂體功能正常，而睪丸分泌睪酮不足，故對垂體產生LH、FSH細胞的負反饋抑制作用減弱，因此表現(xiàn)為高促性腺激素性性腺功能減退癥，既血LH、FSH水平明顯升高，睪酮水平低于正?；驗檎５拖?。
4.Turner綜合征
女性KS患者原發(fā)性閉經，需與Turner綜合征鑒別，Turner綜合征是染色體數(shù)目異常疾病，常見核型為45，X0；臨床表現(xiàn)有原發(fā)性閉經，身材矮小，性幼稚，頸蹼、肘外翻、第4、5掌骨變短等。染色體核型檢查可予鑒別。
5.CHARGE綜合征
估計CHARGE綜合征的發(fā)病率約為1/8500-12000。該疾病的名稱是由以下臨床表現(xiàn)的首字母組成：眼缺損（coloboma），心臟畸形（heart anomalies），后鼻孔閉鎖（choanal atresia），生長和/或發(fā)育遲緩（retardation of growth and/or development），外生殖器畸形（genital anomalies）及耳畸形（ear anomalies）。由于大部分CHARGE綜合征的患者也同時存在著嗅球不發(fā)育/發(fā)育不全和性腺功能減退癥，而這正是KS的臨床特點，故當臨床上診斷KS時要考慮是否有CHARGE綜合征可能。研究發(fā)現(xiàn)CHARGE綜合征與CHD7基因相關。CHARGE的診斷如下：眼缺損和后鼻孔閉鎖為主要診斷標準，余4項為次要診斷標準，符合4條診斷標準（至少1條主要診斷標準）即可診斷。