潛伏期為1～2個月。
輕度感染者常無癥狀，僅在糞便中發(fā)現(xiàn)蟲卵。
感染較重者多為重復感染，緩慢起病，但非流行區(qū)感染者可以急性起病。急性期的臨床表現(xiàn)主要有消化道癥狀和過敏反應，包括食欲不振、上腹隱痛與飽脹、肝區(qū)隱痛、肝大(尤以左葉腫大為明顯)等表現(xiàn)，并有發(fā)熱、乏力、頭暈、失眠、精神不振、記憶力減退等癥狀。偶可因大量成蟲堵塞膽總管而出現(xiàn)膽絞痛及阻塞性黃疸。
慢性期無明顯癥狀者占34.2%，較為常見的有乏力、上腹不適、腹痛、肝區(qū)隱痛、頭暈等，其次為頭痛、失眠、食欲減退、腹瀉等。慢性重復感染的嚴重病例可有肝硬化及門脈高壓癥，表現(xiàn)為消瘦、貧血、水腫、肝脾大、腹水、黃疸等。嚴重感染的兒童可出現(xiàn)營養(yǎng)不良和生長發(fā)育障礙，甚至可引起侏儒癥。
有些病者在嚴重感染后1個月左右突發(fā)寒戰(zhàn)、高熱、肝大伴壓痛，有輕度黃疸，少數(shù)出現(xiàn)脾大，尚可有肺部浸潤。數(shù)周后急性癥狀消失而進入慢性期，表現(xiàn)為疲乏、消化不良、肝大伴壓痛等。
在流行區(qū)，由于人們普遍對本病有所認識，根據(jù)臨床表現(xiàn)等很容易確診，但在非流行區(qū)易導致誤診。依據(jù)流行病學資料、臨床癥狀和體征、結合實驗室檢查及影像學檢查可明確診斷。

1.病毒性肝炎 需與華支睪吸蟲感染早期表現(xiàn)相鑒別。病毒性肝炎早期即可有黃疸、肝臟彌漫性腫大、肝功能損害。肝功能檢查、血清免疫學檢查、糞蟲卵檢查可達到明確診斷目的。
2.單純消化不良 二種疾病均有消化不良癥狀。根據(jù)病史、糞蟲卵檢查、免疫學檢查排除華支睪吸蟲感染。
3.阿米巴肝膿腫 發(fā)病前有痢疾或腹瀉史，然后有發(fā)熱、肝區(qū)痛、大便找到阿米巴滋養(yǎng)體，B超或CT顯示肝內(nèi)有液性占位，肝穿刺見典型的巧克力樣膿液。
4.肝片形吸蟲病 肝片狀吸蟲(fasciola hepatica)寄生在草食類家畜和野生動物的肝臟內(nèi)，主要終宿主為牛、羊、豬，人偶然感染，主要是食用了含該蟲囊蚴的水生植物，如水芹菜或飲用被囊蚴污染的生水。本病與華支睪吸蟲相似，鑒別主要依靠蟲卵檢查。
5.肝吸蟲與異形吸蟲(heterophyes)的混合感染或異形吸蟲單獨感染 該病在我國已有發(fā)現(xiàn)，異形吸蟲的生活史與華支睪吸蟲的生活史相似，但此蟲主要寄生于腸道黏膜深處，可隨血流侵入人體其他臟器造成局部栓塞與異位損害。異形吸蟲的蟲卵與華支睪吸蟲的蟲卵形態(tài)、大小極為相似，應注意鑒別。