選用抗阿米巴藥物的原則，不單是消除癥狀(消滅滋養(yǎng)體)，還應消除其傳染性(消滅包囊)，以達到徹底治愈病人并消滅傳染源的目的。過去常用依米丁(吐根素)和喹碘方(或卡巴砷)合并療法，現(xiàn)在仍然適用。近10多年來又有一些新藥用于臨床，療效好而毒性小。
1、甲硝唑(metronidazol，滅滴靈，flagyl) 對阿米巴滋養(yǎng)體和包囊都有效，很少毒性作用，已為國內外廣泛采用。劑量3次/d，每次800mg，連服5～10天，可取得90%左右的療效。有些治療效果不好，可能和用量較小，致使腸腔達不到有效濃度有關。
2、替硝唑(甲硝磺酰咪唑)能殺滅阿米巴滋養(yǎng)體，對包囊也有一定的作用。劑量2次/d，每次1g，連服3～5天，可獲90%以上的療效，副作用有腹部不適、惡心、嘔吐、便秘或腹瀉，但出現(xiàn)率低且較輕。對心、肝、腎、血液均未見不良影響。
3、 二氯尼特(二氯散糠酸酯)對腸道的滋養(yǎng)體和包囊均有效。3次/d，每次500mg，連服10天，療效在80%左右。副作用可有胃腸脹氣。未見有何毒性作用。
4、氯苯草酰胺(etophamide)其特點是口服不吸收，殺蟲效力比甲硝唑高。天口服20mg/kg，可獲80%左右的療效，目前臨床應用的報道尚不多。
預后
無合并癥的阿米巴結腸炎病人的預后較好，據(jù)Adams統(tǒng)計病死率為0.5%，主要死于嚴重的失水和電解質失衡。若已發(fā)生并發(fā)癥，可明顯影響預后。腸穿孔腹膜炎病死率可高達40.2%。所以應力爭早診斷早治療。重癥病人，在給以抗阿米巴的治療同時，應給以認真地積極地對癥治療。一旦發(fā)生穿孔，應給予緊急的手術治療。