外科手術(shù)為根治本病的首選方法，應(yīng)爭取在壓迫癥狀或并發(fā)癥發(fā)生前施行。術(shù)時先用細(xì)針將囊液抽去（慎防囊液外溢），然后將內(nèi)囊摘除。內(nèi)囊與外囊僅有輕度粘連，極易剝離，常可完整取出。肺、腦、骨等部位的包蟲病亦應(yīng)行摘除手術(shù)。
在手術(shù)摘除包蟲內(nèi)囊之前，向包蟲囊內(nèi)注入10%福爾馬林液以助殺死原頭蚴，由于本品對肺部組織具有刺激性和偶有的中毒副作用，故尤其不適用于破裂性肺或肝包蟲囊腫。國外有人采用西曲溴胺（cetrimide）殺原頭蚴，并認(rèn)為是毒性低、效果好的理想殺原頭蚴劑，用于人體包蟲囊摘除術(shù)前，分2次注入囊內(nèi)適量的0.1%Cetrimide，每次歷時5分鐘，一組10年期間通過378例的手術(shù)時應(yīng)用和手術(shù)后觀察報告表明，無1例包蟲復(fù)發(fā)，而未用Cetrimide以前，術(shù)后包蟲復(fù)發(fā)率為10%。
苯并咪唑類化合物是近年來國內(nèi)外重點研究的抗包蟲藥物，在動物實驗的基礎(chǔ)上試用于臨床并取得了一定的療效。按照WHO意見，阿苯達(dá)唑和甲苯咪唑均列為抗包蟲的首選藥物。有作者認(rèn)為其適應(yīng)證如下：
①繼發(fā)性腹腔或胸腔包蟲病，多發(fā)生于原發(fā)性肝或肺囊型包蟲病并發(fā)破裂之后，亦可因包蟲手術(shù)時保護(hù)不嚴(yán)，或因誤作診斷性穿刺，致使包蟲囊液外溢，繼發(fā)種植擴(kuò)散，病變遍及全腹腔或全胸腔，手術(shù)難以根除。
②多發(fā)性或多臟器囊型包蟲病，或復(fù)發(fā)性包蟲病，病人不愿或難以接受再（多）次手術(shù)。
③病者年邁體弱或并存重要器官的器質(zhì)性疾病，手術(shù)耐受性差。
④經(jīng)手術(shù)探查或不能根治的晚期肝泡球蚴病，或繼發(fā)肺、腦轉(zhuǎn)移者，藥物治療可緩解癥狀，延長存活期。
⑤無論囊型或泡型包蟲病，化療作為手術(shù)前后輔助用藥，可減少復(fù)發(fā)率，提高療效。
可苯達(dá)唑問世后，在治療包蟲病方面有取代甲苯咪唑的趨勢，阿苯達(dá)唑吸收較好，其血清濃度比甲苯咪唑高100倍。包蟲囊液中濃度比甲苯咪唑高60倍。以治療囊型包蟲病時，其劑量每日10～40mg/kg，分2次服，30天為一療程，可視病情連續(xù)數(shù)個療程，其療程優(yōu)于甲苯咪唑，尤以肺包蟲病為佳。對泡型包蟲病國內(nèi)有人建議長期較大劑量的阿苯達(dá)唑治療，其每日劑量為20mg/kg，療程可從17月～66月（平均為36月）不等，經(jīng)長期的隨訪，發(fā)現(xiàn)CT掃描示明顯進(jìn)步，大部分病例原病變區(qū)域全部鈣化而獲痊愈，有效率達(dá)91.7%。一般病人對長期治療均能耐受，未見嚴(yán)重的毒副作用，但治程中宜隨訪肝、腎功能與骨髓。孕婦忌用。
甲苯咪唑國外采用劑量與療程不一。劑量自每日20～200mg/kg不等，通常以每日40～50mg/kg為宜，分3次口服，療程1月，休息半月再服另一療程，一般治療3個月。也有人認(rèn)為治療囊型包蟲病者需用藥1～6月，而治療泡型包蟲病則需延長療程，久者可達(dá)3～5年。療效報告不一，部分囊型包蟲病患者可望治愈，肺包蟲病之療效優(yōu)于肝包蟲病。甲苯咪唑吸收差，一般空腹服用僅1%吸收，為求提高療效，服藥時應(yīng)配合脂肪餐，藥物容易和脂肪一并吸收，據(jù)報告脂肪餐伴服時吸收率可為5%～20%。