潛伏期從尾蚴侵入至尿中出現(xiàn)蟲卵為10～12周。
1.急性期 在本病流行區(qū)，患者大多為重復(fù)感染，故急性期癥狀少見。僅少數(shù)患者有發(fā)熱、頭痛、乏力等全身癥狀。蕁麻疹常見。并有腹痛與肝、脾腫大。血象中嗜酸性粒細(xì)胞顯著增多。臨床表現(xiàn)與急性日本血吸蟲病相似，但較輕。
2.慢性期 早期癥狀為無痛性終末血尿，可持續(xù)數(shù)月或數(shù)年，而無其他癥狀，但以后逐漸出現(xiàn)尿頻、尿痛等慢性膀胱炎癥狀，繼而導(dǎo)致排尿困難、泌尿道阻塞、腎盂積水、逆行性細(xì)菌感染，最后引起腎衰竭。
膀胱鏡檢查可見膀胱壁上由大量蟲卵肉芽腫形成的沙斑(sandy patches)，黏膜增生性炎癥與乳突狀生長，以及由尿酸、草酸與磷酸鹽組成的結(jié)石。在埃及，83.1%膀胱癌患者有埃及血吸蟲病變，故埃及血吸蟲病可能誘發(fā)癌變。該類患者年齡較輕，在40歲左右，大多為完全分化的鱗狀細(xì)胞癌;轉(zhuǎn)移較少見，而且出現(xiàn)較遲。
(1)肝腸癥狀：遠(yuǎn)較日本血吸蟲病少而輕，出現(xiàn)較遲。主要是結(jié)腸與肝門脈周圍由蟲卵肉芽腫引起，從腹瀉與痢疾患者糞便中排出蟲卵。肝脾腫與肝纖維化等癥狀一般較輕。
(2)肺部癥狀：較為少見?；颊咴V乏力、頭昏、頭痛、心悸、心前區(qū)隱痛。約1/3患者勞累后發(fā)生暈厥。胸部X線檢查可見肺動脈顯著擴(kuò)張。心電圖可見P波高聳與右心室肥大。在晚期可并發(fā)右心衰竭，因本病為阻塞性肺心病，無心肌損傷，故發(fā)生較遲。根據(jù)埃及報告，臨床上僅0.8%～1%患者引起肺心病。血吸蟲性肺心病僅占心臟病患者總數(shù)的4%。
(3)生殖系統(tǒng)癥狀：男性患者前列腺可因蟲卵沉積發(fā)生炎癥，質(zhì)變硬。有時從精液中可發(fā)現(xiàn)大量蟲卵。蟲卵經(jīng)腸系膜靜脈吻合支抵達(dá)精索靜脈，可引起精索與附睪病變。由于鞘膜纖維化使陰囊淋巴管阻塞，回流不暢，可引起陰莖龜頭像皮腫。女性患者生殖系統(tǒng)癥狀較不明顯，可有宮頸、陰道與陰唇病變。輸卵管與子宮炎較少見。
在本病流行區(qū)有無痛性終末血尿患者應(yīng)懷疑為埃及血吸蟲病。診斷依賴從尿中發(fā)現(xiàn)有尾刺的蟲卵。取最后幾滴血尿離心沉淀后直接涂片檢查可發(fā)現(xiàn)蟲卵。尿沉渣孵化，于10min至2h，即可見毛蚴。從膀胱鏡直接取材做活組織檢查，用壓片法可查見大量蟲卵。從尿中排出的大多是活卵，但也有為鈣化蟲卵。直腸黏膜活組織檢查有時也可發(fā)現(xiàn)蟲卵。免疫學(xué)試驗由于應(yīng)用的抗原為屬特異性與曼氏血吸蟲病有交叉反應(yīng)，兩者不能鑒別，但對急性期有早期診斷價值。

埃及血吸蟲病臨床癥狀復(fù)雜，主要需與泌尿系統(tǒng)疾病，如腎結(jié)石、腎炎、腎結(jié)核、膀胱癌，膀胱炎等鑒別。