本病潛伏期10～65天。缺乏特異性臨床表現(xiàn)，無癥狀感染和輕癥患者常見。
1.急性呼吸系感染 是其主要表現(xiàn)，如咽炎、喉炎、鼻竇炎、中耳炎、支氣管炎及肺炎，以肺炎最常見占50%以上，支氣管炎次之。老年人以肺炎多見，20歲以下的青少年，則多為支氣管炎及上呼吸道感染。常以發(fā)熱、全身不適、咽痛及聲音嘶啞起病，數(shù)日后出現(xiàn)咳嗽，此時體溫多已正常。亦可引起支氣管炎、支氣管哮喘，原有支氣管哮喘的患者感染肺炎衣原體后，可加重病情。還可引起咽炎、鼻竇炎及中耳炎，此多與肺炎及支氣管炎同時存在。病變一般均較輕，但即使應用抗生素治療，病情恢復較慢，咳嗽及全身不適等癥狀可持續(xù)數(shù)星期至數(shù)月。病情嚴重者可因原基礎疾病加重或因發(fā)生并發(fā)癥如細菌感染而死亡。
2.傷寒型 少數(shù)患者表現(xiàn)為高熱、頭痛、相對緩脈及肝脾大，易并發(fā)心肌炎、心內膜炎和腦膜炎，重癥患者出現(xiàn)昏迷及急性腎衰竭，表現(xiàn)類似重型傷寒。
3.肺炎衣原體感染與動脈硬化、冠心病及急性心肌梗死之發(fā)病的相關性 據(jù)統(tǒng)計50%的慢性冠心病及68%急性心肌梗死患者血清中，可檢出抗肺炎衣原體抗體(IgG和IgA)，對照組僅17%。用肺炎衣原體單克隆抗體免疫組化染色或用PCR法，在冠狀動脈或主動脈的硬化斑中，可檢出肺炎衣原體抗原或其DNA，證實在病灶內存在病原體，而在正常動脈組織中未檢出。在電鏡下觀察亦發(fā)現(xiàn)在硬化的冠狀動脈壁上，可見大小和形態(tài)與肺炎衣原體相似的梨狀物。Gloria等報告用單克隆抗體免疫熒光法，分別在主動脈和冠狀動脈硬化的標本中檢出肺炎衣原體抗原，陽性率分別為13%和79%，正常主動脈為4%。故認為肺炎衣原體感染與動脈硬化的發(fā)生相關，是發(fā)生冠心病的危險因素，對冠心病患者應注意除外肺炎衣原體感染，并認為防治肺炎衣原體感染有可能減少冠心病的發(fā)生。據(jù)報告，動脈粥樣硬化、冠心病及外周動脈栓塞等心血管病患者，常合并肺炎衣原體感染，用羅紅霉素等大環(huán)內酯類抗生素治療，并經(jīng)過2～7年的隨訪，可明顯降低心血管病的進展。同時發(fā)現(xiàn)有腎衰竭的冠心病患者，其肺炎衣原體的感染率更高，且更易促進心血管病的進展。
4.其他 可引起虹膜炎、肝炎、心內膜炎、腦膜炎及結節(jié)性紅斑等。是艾滋病、惡性腫瘤或白血病等疾病發(fā)生繼發(fā)感染的重要病原體之一。另發(fā)現(xiàn)在一些疾病如惡性腫瘤、腦血管病、腎功能不全、帕金森綜合征、肝硬化及糖尿病患者，均可檢出較高陽性率的肺炎衣原體抗體，兩者間的確切關系尚不明確。近年來發(fā)現(xiàn)，肺炎衣原體感染在COPD中常見(65%)，重癥患者更高。且發(fā)現(xiàn)COPD患者肺炎衣原體特異性抗體陽性率明顯高于健康人群。尤其是>50歲的COPD患者，4%以上的急性發(fā)作與肺炎衣原體感染有關。
由于本病缺乏特異性臨床表現(xiàn)，故對有肺炎或上述臨床表現(xiàn)的患者，如疑及本病，可做病原學或免疫學檢測確診。

本病須與其他病原引起的肺炎如支原體肺炎、病毒性肺炎、嚴重急性呼吸綜合征(SARS)、軍團病及其他細菌性肺炎鑒別。其中SARS的特點是：
①流行病學特點是與發(fā)病者有密切接觸史，或屬受傳染的群體發(fā)病者之一，或有明確傳染他人的證據(jù)。或發(fā)病前2周內曾到過或居住于報告有此病患者并出現(xiàn)繼發(fā)感染疫情的區(qū)域。②臨床表現(xiàn)是發(fā)病急，以發(fā)熱為首發(fā)癥狀，體溫多>38℃，可伴有頭痛、關節(jié)、肌肉酸痛、咳嗽少痰、胸悶，嚴重者出現(xiàn)呼吸困難或呼吸窘迫，肺部體征不明顯，可有少許濕啰音或肺實變。
③外周血白細胞及淋巴細胞可降低。
④肺部有片狀、斑片狀或呈網(wǎng)狀改變。其他則主要是通過各自的病原學和(或)血清免疫學檢查確定。