本病癥狀有血精，射精后會陰部疼痛，尿道血性分泌物，血尿、尿頻、尿痛，較大者可有腹部疼痛、排尿障礙，直腸指診或雙合診可能觸及囊性腫物。
診斷首先依據(jù)臨床癥狀和直腸指診。精囊較大的囊腫常被誤診為尿潴留或充盈的膀胱，但插入導(dǎo)尿管卻收集不到尿液，直腸指診，腹部雙合診在前列腺上方可捫及腫塊。

精囊囊腫還需與精囊癌相鑒別，精囊癌極少見，大多數(shù)繼發(fā)于前列腺、膀胱、直腸或附近的組織。加藤哲郎等認(rèn)為囊腫可能合并惡性腫瘤，應(yīng)加以仔細(xì)鑒別。直腸指診時可捫及堅(jiān)硬結(jié)節(jié)，不規(guī)則的梭形腫塊，膀胱鏡檢查可見整個膀胱底部及三角區(qū)抬高，而致膀胱頸梗阻，并有原發(fā)病癥狀，精囊造影可明確腫瘤與精囊的關(guān)系。
本病還需與前列腺囊腫，包蟲性囊腫，膀胱憩室和精囊炎相鑒別，后者經(jīng)直腸指診，CT，B超常能區(qū)分，精囊造影和膀胱鏡檢可資鑒別。