典型的臨床表現(xiàn)是患兒有反復(fù)呼吸道及肺部感染，并且有胰外分泌腺不足的表現(xiàn)，如大量脂肪便。臨床上又可以有不同類型，它反應(yīng)囊性肺纖維化在分子水平上的特異性。15%的患兒殘存胰腺功能足夠，分類為胰腺功能足夠型，這些患兒的情況好于殘存胰腺功能不足型。如果其他家屬受累，必須獲得該患者的家族史，有時(shí)嬰兒出生時(shí)就會(huì)出現(xiàn)胰腺功能不足的表現(xiàn)，由于黏稠的胎糞可導(dǎo)致胎糞性腸梗阻。
呼吸道初發(fā)癥狀為咳嗽，主要為干咳，痰黏稠不易咳出，以后呈陣發(fā)性咳嗽，痰量增多。由于呼吸道的感染，很多患兒因發(fā)熱起病，然后住院作進(jìn)一步檢查、經(jīng)詢問病史及做有關(guān)檢查方被確診。由于患兒呼吸道的感染嚴(yán)重，痰不易咳出，也不會(huì)咳，所以可以有胸悶、憋氣及呼吸困難等缺氧表現(xiàn)，這些癥狀可持續(xù)數(shù)周甚至數(shù)月，不少患兒雖然疾病嚴(yán)重，但到10多歲才得到診斷。囊性肺纖維化也可累及生殖系統(tǒng)，因此大多數(shù)患病男女是不育的。
如合并支氣管擴(kuò)張時(shí)有反復(fù)咯血，后期可以有發(fā)紺和杵狀指，往往合并肺源性心臟病及心力衰竭等嚴(yán)重并發(fā)癥，常于10歲前死亡。相反，假如能得到早期診斷和合理的綜合治療，多數(shù)患者可活到20多歲甚至更長。
囊性肺纖維化有用的實(shí)驗(yàn)室檢查是定量的毛果云香堿電滲入療法汗試驗(yàn)。因?yàn)楹挂褐写嬖诟邼舛鹊腘aCl，一般情況下，Cl-<60mmol/L，如測定結(jié)果C1->70mmol/L即為陽性，有診斷價(jià)值。再結(jié)合患兒有胰腺管等外分泌腺功能異常，大便量多，且以脂肪便為多，患兒經(jīng)常容易發(fā)生呼吸道感染，呼吸道黏液性分泌物增多，容易引起氣道阻塞，再結(jié)合家族史、X線、CT、MRI等一般還是可以診斷的。

囊性肺纖維化常會(huì)出現(xiàn)囊性支氣管擴(kuò)張，所以需和一些引起囊性支氣管擴(kuò)張的疾病鑒別，囊性支氣管擴(kuò)張是復(fù)發(fā)性或慢性感染的并發(fā)癥，其表現(xiàn)可類似多發(fā)性空洞，它不是真正的空洞，而是多發(fā)性支氣管擴(kuò)張伴有囊狀腔隙的表現(xiàn)。
1.丙種球蛋白缺乏癥 該患者易于發(fā)生復(fù)發(fā)性細(xì)菌感染，繼發(fā)氣道阻塞和囊性支氣管擴(kuò)張，有時(shí)和囊性肺纖維化不易鑒別，但該患者血中丙種球蛋白明顯減少或缺乏，且汗液中無高濃度的NaCl存在，因此可以鑒別。
2.復(fù)發(fā)性細(xì)菌性肺炎 反復(fù)發(fā)作時(shí)可以造成支氣管擴(kuò)張，早期這種支氣管擴(kuò)張可呈圓柱形，并且是可逆的，但在多次肺炎發(fā)作后，由于支氣管損害可發(fā)展成靜脈曲張狀或囊性支氣管擴(kuò)張，位于下葉是其特點(diǎn)，感染早期胸片是正常的，在肺底有線狀陰影聚集，這時(shí)支氣管造影可顯示支氣管擴(kuò)張。當(dāng)支氣管擴(kuò)張進(jìn)一步發(fā)展，則可呈小囊狀支氣管擴(kuò)張，用高分辨率CT(HRCT)可取代支氣管造影而獲得診斷。
3.過敏性支氣管肺曲菌病 發(fā)生哮喘時(shí)可伴有支氣管囊狀擴(kuò)張，但一般此病發(fā)病年齡較晚，無家族遺傳史，纖維支氣管鏡檢查可找到曲菌絲，糖皮質(zhì)激素可治愈。
4.結(jié)核性支氣管擴(kuò)張癥 結(jié)核是囊狀支氣管擴(kuò)張癥的另一原因，在長期結(jié)核菌感染后，在肺尖及全肺可發(fā)生空洞，這些透明區(qū)除了壞死性空洞外，還必須考慮有支氣管擴(kuò)張，尤其是囊狀支氣管擴(kuò)張癥，但結(jié)核引起的支氣管擴(kuò)張一般有中毒癥狀，如低熱、盜汗等，痰中可找到結(jié)核桿菌，通過抗結(jié)核治療病情會(huì)逐漸好轉(zhuǎn)，所以臨床上診斷是不難的。