1.多呈亞急性或慢性起病，少數(shù)急性起病。各年齡段均可發(fā)病，20～40歲青壯年最常見。
2.首發(fā)癥狀常為間歇性頭痛、惡心及嘔吐，伴低熱、周身不適、精神不振等非特異性癥狀。隨病情發(fā)展，頭痛漸加重轉為持續(xù)性、精神異常、躁動不安，嚴重者出現(xiàn)不同程度意識障礙。
3.約半數(shù)以上伴腦神經受損，以視神經最常見，其次為第Ⅷ、 Ⅲ、Ⅶ、 VI 腦神經。部分出現(xiàn)偏癱、抽搐、失語等局灶性腦組織損害癥狀。
4.腦膜刺激征為早期最常見的陽性體征，晚期可出現(xiàn)眼底水腫、錐體束征等。
有長期大量應用抗生素、免疫抑制藥及免疫低下性疾病如AIDS、淋巴瘤、白血病、器官移植等病史，亞急性或慢性進展的頭痛、噴射性嘔吐、腦神經受損及腦膜刺激征，腦脊液蛋白定量增高、氯化物及葡萄糖降低者，應考慮本病。
臨床確診需在腦脊液中找到新型隱球菌，由于其檢出率受病灶部位、病程發(fā)展階段等影響，故對可疑或久治不愈反復發(fā)作的腦膜炎，應反復作腦脊液墨汁染色、培養(yǎng)或動物接種以尋找病原。通常墨汁染色陽性率較低，故需盡早應用腦脊液乳膠凝集(LA)或抗原酶聯(lián)免疫測定法檢測隱球菌抗原，以提高早期診斷率。

本病臨床表現(xiàn)、腦脊液常規(guī)、影像學特點等與結核性腦膜炎極為相似，兩者鑒別需依靠病原學證據(jù)。另外，還應與病毒性腦炎、腦膿腫、顱內腫瘤、腦豬囊尾蚴病(囊蟲病)等相鑒別。
其他腦部真菌病還有曲菌病(aspergillosis)和毛真菌病(mucormycosis)，也應注意鑒別。
1.曲菌病(aspergillosis) 系由曲霉菌引起的一組慢性真菌病。曲菌作為一種條件致病菌，廣泛存在于自然界及人類皮膚黏膜表面。本病呈慢性或亞急性起病，少數(shù)免疫功能嚴重低下者可急性起病，主要表現(xiàn)為腦膿腫所致顱內占位性病變癥狀，常有發(fā)熱、頭痛、惡心、嘔吐、癲癇發(fā)作。此外，依不同感染途徑及膿腫的形成部位，出現(xiàn)不同的局灶性癥狀，如偏癱、失語、共濟失調、精神異常、視野缺損等，嚴重者可因腦疝而死亡。
顱腦CT或MRI常顯示單發(fā)或多發(fā)性腦膿腫、腦梗死、出血性梗死等改變。原發(fā)感染部位分泌物如痰液、鼻涕、膿液等直接涂片或培養(yǎng)，可找到菌絲及孢子，但不能作為確診依據(jù)，因這些部位正常可有曲霉寄生。血清或腦脊液PCR檢測曲霉菌DNA，對早期診斷有重要意義。病理學檢查發(fā)現(xiàn)病變組織菌絲及孢子最有確診意義。
2.毛真菌病(mucormycosis) 是由毛霉目真菌引起的一種少見的致死性真菌病。主要侵犯鼻、腦、肺、胃腸道及皮膚，嚴重者可經血行播散至全身，其中以腦毛真菌病最常見。糖尿病酸中毒為主要誘發(fā)因素，其次見于免疫缺陷性疾病、大量應用抗生素、免疫抑制藥、器官移植等患者。感染常始發(fā)于鼻甲、鼻旁竇或咽部，引起蜂窩織炎，進一步侵犯眼眶至腦、腦膜;亦可侵入局部血管，經頸內動脈而至腦部。
本菌一旦侵入腦內，迅速引起腦炎、腦膜炎。多呈急性起病，少數(shù)呈亞急性或慢性。早期表現(xiàn)為鼻塞、頭痛等類鼻竇炎癥狀，后出現(xiàn)發(fā)熱、單側面部腫脹、疼痛，鼻腔內有暗紅色分泌物流出。侵及眼部引起眼瞼水腫、眼球突出并活動受限，瞳孔散大、視力下降甚而失明。腦神經常受累，以第V、Ⅶ腦神經損傷最多見，出現(xiàn)周圍性面癱、面部麻木、角膜反射消失。動脈血栓形成可致偏癱、失語等，部分出現(xiàn)腦膜刺激征、頭痛、嘔吐、意識障礙。晚期多因顱內壓增高致腦疝而死亡。
顱腦CT或MRI顯示腦膿腫、腦梗死、鼻竇混濁、骨質破壞、少數(shù)呈腦出血等改變。感染部位分泌物如膿血涕直接涂片鏡檢或培養(yǎng)，可發(fā)現(xiàn)毛霉菌。組織病理學找到病菌最有確診意義。