應(yīng)用一般治療劑量的副作用：可有惡心、嘔吐、口腔及上腹部燒灼感、頭痛、頭暈、耳鳴、視力障礙、皮膚瘙癢、紫癜、皮疹等，偶有不自主運動、心室顫動。誤用大量發(fā)生中毒時，尚可有呼吸和脈搏加快，血壓下降、嗜睡、昏迷、驚厥、心律失常，甚至發(fā)生阿-斯綜合癥（此種情況偶亦見于應(yīng)用一般治療劑量時），導(dǎo)致心臟驟停，或因呼吸衰竭致死。此外，葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏病兒應(yīng)用氯喹后可發(fā)生溶血而致急性腎功能衰竭。
長期用藥可引起視網(wǎng)膜病，出現(xiàn)視覺障礙如視物模糊、復(fù)視、畏光、甚至失明，并可發(fā)生耳鳴、耳聾等。其他尚有皮疹、皮炎、紫癜、脫毛、色素沉著或毛發(fā)變白，白細(xì)胞、粒細(xì)胞、血小板或全血細(xì)胞減少，中毒性精神病；少數(shù)病例發(fā)生肌無力、眼瞼下垂、咀嚼及吞咽困難。

與其他抗瘧疾藥物中毒相鑒別包括奎寧、乙胺嘧啶中毒
奎寧中毒累及胃腸道神經(jīng)系統(tǒng)心血管系統(tǒng)皮膚等，并對多種酶的活性有阻抑作用，聽覺和視覺障礙，比較明顯臨床表現(xiàn)主要是頭痛、眩暈、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、出汗、視覺障礙：如視物模糊、色覺混亂、畏光、復(fù)視夜盲、瞳孔散大、失明、聽覺障礙：如耳鳴幻聽、聽力減退等，或有皮膚發(fā)紅皮疹瘙癢，哮喘、血管神經(jīng)性水腫，偶見過敏性休克。
乙胺嘧啶中毒，臨床表現(xiàn)服藥后般1／2－6小時出現(xiàn)中毒癥狀，惡心、嘔吐、胃部燒約感、腹痛、口渴、頭暈、頭痛、煩躁不安、視力模糊、心悸、嚴(yán)重中毒病例可有高熱、呼吸急促、驚厥、瞳孔散大、迅速昏迷并可發(fā)生呼吸循環(huán)衰竭 。