確定了屬于中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染，而非腦梗死、腦出血或腦部腫瘤，接下來(lái)便是確定到底是腦炎還是腦膜炎。

　　但這兩種情況的鑒別診斷亦非易事，因?yàn)榕R床上有交叉重疊的情況，如腦膜炎同時(shí)伴有腦炎，常常描述為腦膜腦炎。

　　總體來(lái)說(shuō)，是否存在腦功能異常是區(qū)別腦膜炎和腦炎的重要特征。

　　腦膜炎可能表現(xiàn)為不適、嗜睡或頭痛、煩躁，而腦部功能正常。

　　腦炎，則會(huì)有腦功能異常，包括精神狀態(tài)改變、感覺(jué)或運(yùn)動(dòng)、語(yǔ)言障礙、行為改變和人格異常等。腦炎也可表現(xiàn)為輕偏癱、弛緩性麻痹和感覺(jué)異常。

　　癲癇發(fā)作和癲癇發(fā)作后狀態(tài)也可見(jiàn)于僅有腦膜炎時(shí)，不應(yīng)被視為腦炎特有。

　　引起中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染的病原體繁多，從細(xì)菌、結(jié)核菌、病毒、螺旋體、真菌、原蟲、寄生蟲等，還有感染后腦炎或者免疫后腦炎夾雜其中，五花八門，如何鑒別是考驗(yàn)感染科醫(yī)生的難點(diǎn)。

　　正是鑒別病原體很難，但還是有一些線索可以初步判斷細(xì)菌還是病毒感染。

　　如腦脊液中白細(xì)胞計(jì)數(shù)升高(>2000個(gè)/mm3)、以中性粒細(xì)胞為主、蛋白質(zhì)濃度升高(>200mg/dL)、腦脊液糖含量降低（低于血糖的一半）往往是細(xì)菌感染的表現(xiàn)。

　　而以下表現(xiàn)則提示CNS病毒性感染：白細(xì)胞計(jì)數(shù)雖然增加，但通常低于250個(gè)/mm3，分類早期以中性粒細(xì)胞為主，但很快（如8小時(shí)）以淋巴細(xì)胞為主；蛋白質(zhì)升高程度不如細(xì)菌感染（如低于150mg/dL）；葡萄糖、氯化物通常正常；如果出現(xiàn)紅細(xì)胞(除外創(chuàng)傷性穿刺)，常提示HSV-1感染或其他壞死性腦炎。

　　但是，因?yàn)椴煌?xì)菌感染而且在感染的不同階段，以上參數(shù)往往多變，非典型的改變往往介于細(xì)菌和病毒之間。近來(lái)一些研究顯示，腦脊液中乳酸濃度檢測(cè)有助于區(qū)別細(xì)菌和病毒感染。

　　病原的鑒別診斷最終還得依靠血清學(xué)試驗(yàn)、腦脊液涂片和培養(yǎng)、PCR檢測(cè)等手段，甚至腦活檢。而影像學(xué)檢查如CT或MRI檢查對(duì)某些特殊感染（如顳葉受累提示HSV-1腦炎）有鑒別診斷價(jià)值，更多的是用于鑒別顱內(nèi)占位、腦膿腫、出血或梗塞、腦白質(zhì)病、脫髓鞘病變等。